1、工作原理不同：新风系统的工作原理是根据在密闭的室内一侧用专用的室内送新风，再从另一侧由专用设备向室外排出，从而满足室内新风换气的需要。而全热交换器则是产品工作时，室内排风和新风分别呈正交叉方式流经换热器芯体时，由于气流分隔板两侧气流存在着温差和蒸汽分压差，引起全热交换流程。
2、作用功能不同：新风系统主要用于室内空气净化和通风。全热交换器能有效降低空调系统负荷，有效解决了改善室内空气品质与空调系统节能之间的矛盾，在空调系统节能中具有不可替代的作用。
3、不同类型：新风系统可分为单向新风系统、双向新风系统、地面送风系统、管道新风系统和单一新风系统；全热交换器可分为旋转式全热交换器和板翅式全热交换器。
